회사 분쟁 예방 — 정관·주주간계약·내부통제, 처음부터 어떻게 설계해야 하나요?

• 1. 제목
• 회사 분쟁 예방 — 정관·주주간계약·내부통제, 처음부터 어떻게 설계해야 하나요?
• 2. 질문
• “친구 둘과 자본금 5억 원으로 회사를 세우려 합니다. 지금까지 상담 사례들을 보니 대부분 처음에 정해 두지 않아 생긴 분쟁이던데, 정관과 주주간계약, 회사 운영 규칙을 처음부터 어떻게 설계해야 나중에 분쟁을 줄일 수 있나요?”
• 3. 결론(직접답변)
• 분쟁 예방의 핵심은 '회사를 구속할 내용은 정관에, 주주 사이의 약속은 주주간계약에, 돈과 기록의 규칙은 내부 규정에' 나누어 담고, 교착과 출구를 미리 정하는 것입니다. 정관에는 ① 이사회 결의가 필요한 사항의 명확화(일정 금액 이상 거래·차입·보증, 특수관계인 거래), ② 주식양도의 이사회 승인 제한, ③ 특별결의 사항의 조정, ④ 감사 설치 여부(자본금 10억 원 미만은 생략 가능하나 설치 권장), ⑤ 이사 수와 임기, ⑥ 대표이사 선임 방법과 유고 시 직무대행 순서를 넣습니다. 정관은 회사와 제3자를 구속하므로 양도 제한처럼 회사에 대한 효력이 필요한 사항은 반드시 정관에 두어야 합니다.
• 주주간계약에는 ① 이사 지명권(3인이면 각 1인), ② 주요 경영사항에 대한 사전동의권(대법원은 자금조달의 필요성 등 특별한 사정이 있으면 특정 주주의 사전동의권 약정이 유효할 수 있다고 봄), ③ 의결권 행사 합의(위반 시 이행 청구·간접강제 가능), ④ 교착 해소 조항(제3자 평가 매수, 매수·매도 강제, 중재), ⑤ 출구 조항(우선매수권·동반매도권·동반매각청구권, 탈퇴 시 지분 평가 방법), ⑥ 경업금지·비밀유지, ⑦ 위약벌과 분쟁해결(중재·관할)을 넣습니다. 다만 주주간계약은 당사자 사이에서만 효력이 있고 회사를 구속하지 못하며, 주식양도의 전면 금지나 주주평등원칙 위반 내용은 무효라는 한계를 알고 설계해야 합니다.
• 내부 규정과 운영 관행이 세 번째 축입니다. 대법원은 대표이사와 이사에게 회사의 규모·업종에 맞는 내부통제시스템을 구축·운영할 의무가 있고 이를 하지 않으면 개별 위법행위를 몰랐더라도 감시의무 위반 책임을 진다고 보므로, ① 법인카드·가지급금·특수관계인 거래 규정, ② 일정 금액 이상 지출의 복수 결재, ③ 월별 재무 보고와 주주 열람, ④ 매년 정기주주총회·분기 이사회의 실제 개최와 의사록 작성·보관(등기 사항은 공증), ⑤ 임원배상책임보험 가입을 처음부터 제도화하세요. 분쟁이 생겼을 때의 초기 대응도 미리 정해 두면(자료 보전, 내용증명, 전문가 선임) 손실을 줄일 수 있습니다.
• 4. 판단기준
• 1) 정관 vs 주주간계약의 배분 — 회사와 제3자를 구속해야 하는 사항(양도 제한, 이사회 결의 사항, 기관 구성)은 정관에, 주주 사이의 약속(지명권, 동의권, 출구)은 주주간계약에.
• 2) 효력의 한계 — 양도 전면 금지, 주주평등원칙 위반, 강행규정 위반 내용은 어디에 두어도 무효.
• 3) 교착과 출구 — 50:50이나 홀수 구성 여부, 교착 해소 조항, 탈퇴·사망·해임 시 지분 평가와 매수 구조.
• 4) 내부통제 — 자금 관리 규정, 복수 결재, 정기 보고, 회의체 운영과 기록, 법적 위험이 높은 업무의 준법 관리.
• 5) 분쟁 초기 대응 — 자료 보전, 통지, 보전처분, 전문가 선임의 절차와 책임자.
• 5. 원칙
• 정관은 회사의 근본 규범으로 절대적 기재사항(목적, 상호, 발행예정주식총수, 액면금액, 본점 소재지 등)과 상대적·임의적 기재사항을 담으며(상법 제289조), 정관 변경에는 주주총회 특별결의가 필요합니다(제433조, 제434조). 주식양도는 정관으로 이사회 승인을 요구하여 제한할 수 있을 뿐 금지할 수는 없으므로, 일정 기간 양도를 전면 금지하는 내용은 정관으로 정해도 무효이고 정관으로 정해도 무효인 내용은 회사·주주 간 약정으로 정해도 무효입니다. 이사회의 결의 사항(제393조)은 정관·이사회 규정으로 구체화할 수 있고, 자본금 10억 원 미만 회사는 이사 1~2인으로 이사회를 두지 않을 수 있으며(제383조) 감사를 두지 않을 수 있습니다(제409조 제4항).
• 주주 사이의 약정(의결권 행사 합의, 이사 지명권, 사전동의권, 양도 제한, 출구 조항)은 강행규정이나 사회질서에 반하지 않는 한 당사자 사이에서 유효하지만 회사의 단체법적 질서에는 영향이 없어 회사를 구속하지 못합니다. 의결권 행사 합의를 위반하면 위반 주주에게 약정대로 의결권을 행사할 의무의 이행을 청구하고 간접강제를 구할 수 있으며, 특정 주주에게 주요 경영사항에 대한 사전동의권을 주는 약정은 원칙적으로 주주평등원칙에 반하나 회사의 자금조달 필요성과 불가피성, 다른 주주의 실질적 불이익 유무 등 특별한 사정이 있으면 허용될 수 있습니다. 투하자본 전액의 보전이나 법률상 배당 외의 별도 수익 지급 약정은 무효입니다.
• 대법원은 대표이사와 이사가 합리적인 정보·보고 시스템과 내부통제시스템을 구축하고 작동시킬 의무가 있으며, 이를 전혀 하지 않거나 의도적으로 외면한 경우 다른 이사·직원의 개별 위법행위를 몰랐다는 이유로 감시의무 위반 책임을 면할 수 없다고 판시했습니다. 나아가 법적 위험이 높은 업종(담합 위험이 있는 업종 등)에서는 법규 준수를 관리하고 위반 시 보고·시정하는 시스템을 갖추어야 하며 회계 중심의 내부회계관리제도나 추상적 윤리규범만으로는 부족하고, 사외이사를 포함한 모든 이사가 시스템이 없거나 작동하지 않는다고 의심할 사유가 있음에도 방치하면 감시의무 위반이라고 보았습니다. 이 책임은 대표소송으로 추궁되며 손해분담의 공평에 따라 제한될 수 있습니다.
• 주주총회와 이사회의 의사록은 의사의 경과 요령과 결과를 기재하고 의장과 출석 이사가 기명날인 또는 서명하여 본점에 비치해야 하며(제373조, 제391조의3), 주주총회 의사록을 첨부하여 등기를 신청할 때는 원칙적으로 공증인의 인증을 받아야 하나(공증인법 제66조의2) 자본금 10억 원 미만 회사는 일정 요건 하에 생략할 수 있습니다(게시 전 조문 대조). 1인회사나 실질적 1인회사는 소집절차 없이 의사록만으로 결의를 인정받지만, 주식이 실질적으로 분산된 회사에서 절차 없이 작성한 의사록은 결의 부존재와 불실기재 문제를 낳습니다(020·039 참조).
• 6. 예외
• 소규모회사의 특례 — 자본금 10억 원 미만 회사는 이사회·감사 생략, 10일 전 소집통지, 주주 전원 동의 시 소집절차 생략·서면 결의가 가능하지만, 이 특례는 절차를 간소화할 뿐 기록·보관 의무와 이사의 책임을 줄이지는 않습니다.
• 주주간계약의 회사 구속력 — 회사를 당사자로 참여시키더라도 회사의 기관 결정(이사회·총회)을 대체할 수 없고, 정관에 반영해야 회사에 대한 효력이 생기는 사항(양도 제한, 결의 요건)은 정관 변경을 병행해야 합니다.
• 사전동의권의 한계 — 특정 주주의 사전동의권은 특별한 사정이 있어야 유효하고, 위반 시 조기상환·위약벌 같은 제재 조항의 효력도 함께 판단되므로, 투자 계약 시 자금조달의 필요성과 다른 주주의 불이익 부존재를 기록해 두어야 합니다.
• 임원배상책임보험 — 고의·범죄행위, 사적 이익 취득, 벌금·과징금은 통상 보장에서 제외되므로 보험이 모든 책임을 덮지는 않습니다.
• 정관의 책임 감경 — 이사의 회사에 대한 책임을 최근 1년 보수의 6배(사외이사 3배)로 감경하는 정관 규정은 고의·중과실, 경업·기회유용·자기거래에는 적용되지 않습니다(022 참조).
• 7. 불리하게 작용하는 사정

▶ 소수 지분·투자자 측

• • 정관에 이사회 결의 사항과 양도 제한을 두지 않으면 대주주가 단독으로 회사를 운영하고 지분을 넘길 수 있다.
• • 주주간계약만 믿고 정관을 손보지 않으면 회사에 대한 효력이 없어 결의를 다툴 수 없다.
• • 사전동의권·별도 수익 보장을 과도하게 넣으면 주주평등원칙 위반으로 무효가 되어 보호를 잃는다.
• • 출구 조항 없이 투자하면 분쟁 시 지분을 팔 길이 없다.

▶ 대주주·경영진 측

• • 내부통제시스템 없이 운영하다 직원·임원의 위법행위가 생기면 몰랐더라도 감시의무 위반 책임을 진다.
• • 총회·이사회를 열지 않고 의사록만 작성하는 관행은 주주가 분산되는 순간 결의 부존재와 형사 문제가 된다.
• • 자금 관리 규정 없이 법인카드·가지급금을 쓰면 횡령·배임과 세무 문제가 동시에 생긴다.
• • 주식양도 전면 금지나 의결권 영구 제한 같은 조항은 무효여서 보호 효과가 없다.
• 8. 행위자별 증거 체크리스트

▶ 설계·운영 기록(공통)

• □ 정관(이사회 결의 사항, 양도 제한, 기관 구성, 책임 감경 조항), 정관 변경 특별결의 의사록
• □ 주주간계약서(지명권·동의권·의결권 합의·교착 해소·출구·경업금지·위약벌·분쟁해결)와 회사의 참여·확인
• □ 내부 규정(자금 관리, 특수관계인 거래, 결재 권한, 준법 관리)과 운영 기록
• □ 정기 주주총회·이사회 의사록, 공증 서류, 재무 보고 자료의 보관 기록
• □ 임원배상책임보험 증권과 보장 범위

▶ 분쟁 초기 대응 기록

• □ 회계·전자 자료의 보전 조치 기록(백업, 접근 권한 변경 금지)
• □ 상대방에 대한 통지·내용증명과 회신
• □ 보전처분(가압류·가처분) 신청 자료
• □ 전문가(변호사·회계사) 선임과 초기 자문 기록
• 9. 실무상 주의사항
• • 설립 단계 체크리스트: ① 정관 — 이사회 결의 사항 금액 기준, 주식양도 이사회 승인, 이사 수(홀수 권장)·임기, 대표이사 선임·직무대행 순서, 감사 설치, 책임 감경 조항. ② 주주간계약 — 이사 지명권, 사전동의 사항(합리적 범위), 의결권 합의, 교착 해소(제3자 평가 매수·매수·매도 강제·중재), 출구(우선매수·동반매도·동반매각, 탈퇴·사망·해임 시 지분 평가), 경업금지·비밀유지, 위약벌, 관할·중재. ③ 내부 규정 — 자금 관리·결재·특수관계인 거래·준법 관리.
• • 운영 단계 체크리스트: 매년 정기총회(재무제표 승인·배당·보수 결의), 분기 이사회, 의사록 작성·서명·보관과 등기 사항 공증, 월별 재무 보고의 주주 공유, 법인카드·가지급금 월별 정산, 특수관계인 거래의 사전 이사회 승인, 임원 선임 시 경업금지·비밀유지 서약.
• • 교착 가능성이 있는 지분 구조(50:50, 33:33:33)라면 중립 이사 1인을 두거나 의결권 합의로 결정 구조를 만들고, 그래도 안 될 때의 매수·매도 강제 조항을 반드시 넣으세요. 이 조항 하나가 해산판결 소송을 대신합니다.
• • 분쟁이 시작되면 ① 회계·전자 자료를 즉시 보전하고(삭제·수정 금지), ② 상대방에게 서면으로 입장을 통지하며, ③ 재산·회사 보전을 위한 가압류·가처분을 검토하고, ④ 고소 전에 민사 보전과 증거 확보를 먼저 하며, ⑤ 변호사·회계사를 초기에 선임하세요. 초기 1~2주의 대응이 이후 1~2년을 좌우합니다.
• • 이 시리즈의 각 편은 서로 연결되어 있습니다. 설립·동업(A분야) → 주주권·총회(B분야) → 이사 책임(C분야) → 출구(D분야)의 순서로 읽으면 회사 분쟁의 전체 지도를 그릴 수 있습니다.
• 10. 관련법률
• • 상법 제289조(정관의 작성, 절대적 기재사항), 제335조(주식의 양도성), 제363조(소집의 통지), 제373조(총회의 의사록), 제383조(원수, 임기), 제391조의3(이사회의 의사록), 제393조(이사회의 권한), 제398조(이사 등과 회사 간의 거래), 제399조(회사에 대한 책임), 제400조(회사에 대한 책임의 감면), 제409조(선임), 제433조(정관변경의 방법), 제434조(정관변경의 특별결의)
• • 공증인법 제66조의2(법인 등기 시 의사록의 인증)
• • 민사집행법 제261조(간접강제), 중재법 제8조(중재합의의 방식)
• • 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률 제8조(내부회계관리제도의 운영 등)
• 11. 관련판례
• ▸ 대법원 2021. 11. 11. 선고 2017다222368 판결 — 철강회사가 수년간 가격 담합으로 거액의 과징금을 받자 주주가 전 대표이사에게 대표소송을 제기한 사안. 대표이사는 담합을 직접 지시하지 않았더라도 법적 위험이 높은 업종에서 법규 준수를 관리하고 위반 시 보고·시정하는 내부통제시스템을 구축할 의무가 있고, 회계 중심의 내부회계관리제도나 추상적 윤리규범만으로는 부족하다고 하여 감시의무 위반을 부정한 원심을 파기환송했다.
• ▸ 대법원 2022. 5. 12. 선고 2021다279347 판결 — 건설회사의 공공사업 입찰담합에 관해 주주가 전 대표이사·사외이사 등에게 제기한 대표소송. 사외이사를 포함한 모든 이사는 법적 위험이 높은 업무에 대한 내부통제시스템을 구축·작동시킬 의무가 있고, 시스템이 없거나 작동하지 않는다고 의심할 사유가 있음에도 방치하면 감시의무 위반이라고 하여 책임의 인정과 책임 제한을 수긍했다.
• ▸ 대법원 2008. 9. 11. 선고 2006다68636 판결 — 대기업의 분식회계를 믿고 무보증 회사채를 매입한 은행이 이사·감사에게 손해배상을 구한 사안. 대규모 회사에서 업무를 분담해도 다른 이사에 대한 감시의무가 면제되지 않고, 이사들은 합리적인 정보·보고체계와 내부통제시스템을 구축·작동시킬 의무가 있으며 이를 전혀 하지 않거나 의도적으로 외면한 경우 개별 위법행위를 몰랐다는 이유로 책임을 면할 수 없다고 판시했다.
• ▸ 대법원 2025. 6. 12. 선고 2020다219577 판결 — 합작투자계약으로 이사회를 양측이 2인씩 지정하기로 했는데 일방이 임시주주총회에서 이사 3인의 추가 선임에 찬성한 사안. 의결권구속약정은 당사자 간에 유효하나 약정 위반으로 성립한 주주총회 결의의 하자를 회사에 대해 다툴 수는 없고 상대방에게 계약상 권리를 행사할 수 있을 뿐이라고 하면서, 약정에 맞게 해임 안건에 찬성할 의무와 간접강제를 인정한 원심을 유지했다.
• ▸ 대법원 2023. 7. 13. 선고 2021다293213 판결 — 투자자가 상환전환우선주를 인수하면서 주요 경영사항에 대한 사전동의권과 위반 시 조기상환·위약벌을 약정했는데 회사가 동의 없이 유상증자를 한 사안. 일부 주주에게만 우월한 권리를 주는 약정은 원칙적으로 주주평등원칙 위반이나, 투자금이 회사 존속에 필수적이고 다른 주주에게 실질적 손해가 없는 등 특별한 사정이 있으면 사전동의권 약정은 유효할 수 있다고 하여 무효로 본 원심을 파기환송했다. 다만 투하자본 전액의 보전 약정은 무효라고 보았다.
• ▸ 대법원 2000. 9. 26. 선고 99다48429 판결 — 합작투자계약에서 설립 후 5년간 주식 양도를 전면 금지하고 주주 전원 동의 시에만 예외적으로 허용한 약정을 근거로 회사가 명의개서를 거부한 사안. 상법은 정관으로 이사회 승인을 요구할 수 있을 뿐 양도 자체를 금지할 수 없으므로 전면 금지는 정관으로도 불가하고, 정관으로 정해도 무효인 내용은 회사·주주 간 약정으로 정해도 무효라고 하여 명의개서 거부를 배척했다.
• 12. 작성자
• 박무협 법률문제연구소 (parkmoohyup-law.com)
• 작성일: 2026. 10. 16.
• 이 글은 일반적인 법률 정보의 제공을 목적으로 작성된 것으로, 개별 사안에 대한 법률 자문이 아닙니다. 구체적인 사건은 사실관계에 따라 결론이 달라질 수 있으므로 변호사와 상담하시기 바랍니다.